无论基于网络还是基于主机的入侵检测系统所采用的技术主要有特征检测与异常检测两种。
特征检测(Signature-based detection)
特征检测又称Misuse detection，这一检测假设入侵者活动可以用一种模式来表示，系统的目标是检测主体活动是否符合这些模式。它可以将已有的入侵方法检查出来，但对新的入侵方法无能为力。其检测方法上与计算机病毒的检测方式类似。其难点在于如何设计模式既能够表达“入侵”现象又不会将正常的活动包含进来。
异常检测(Anomaly detection)
基于异常的检测技术则是先定义一组系统“正常”情况的数值，如 CPU 利用率、内存利用率、文件校验和等（这类数据可以人为定义，也可以通过观察系统、并用统计的办法得出），然后将系统运行时的数值与所定义的“正常”情况比较，得出是否有被攻击的迹象。这种检测方式的核心在于如何定义所谓的“正常”情况。对用户要求比较高。
据公安部计算机信息系统安全产品质量监督检验中心的报告，国内送检的入侵检测产品中95％是属于使用入侵模板进行模式匹配的特征检测产品，其他5％是采用概率统计的统计检测产品与基于日志的专家知识库系产品。